Najwyższą władzą MZZPKM jest Zjazd Delegatów. Między zjazdami pracą Związku kieruje Zarząd MZZPKM i Prezydium MZZPKM, a funkcje kontrolne sprawuje Komisja Rewizyjna MZZPKM.                                                                                                                  

Przedstawicielami Zarządu MZZPKM kierującymi jego pracą oraz osobami reprezentującymi Związek wobec pracodawcy i innych podmiotów są: